「軒轅劍參外傳．天之痕」故事，發(fā)生在「軒轅劍參」之前一百五十年前的中國(guó)，時(shí)代是中國(guó)的隋朝。陳國(guó)遺民悲痛祖國(guó)亡滅，在公元六○一年，集結(jié)了數(shù)萬兵馬，興兵反抗，意圖復(fù)興故國(guó)。隋文帝立即下令平亂，然而讓陳國(guó)反抗軍訝異的是：朝廷的平亂部隊(duì)竟然只有二十人不到之兵馬，而為首之人，竟是一位年僅十歲之少年！這位身披斗篷的神秘少年，以一把神秘的「黃金之劍」，在僅僅一擊之間便將數(shù)萬陳國(guó)反抗軍馬一瞬消滅殆盡、灰飛煙滅。神秘少年與天下無敵之黃金劍「軒轅劍」威名，自此令所有人聞之色變，再也沒人敢起兵反叛朝廷。

十六年后，隋煬帝時(shí)代，男主角「陳靖仇」奉師父之命，踏上尋找傳說中五樣中原上古神器之旅。陳靖仇是陳國(guó)后裔，在襁褓時(shí)代隋朝四處搜捕陳國(guó)遺族時(shí)，他的師父陳輔犧牲了自己的孫兒，冒險(xiǎn)將陳靖仇替代救出。陳輔將自己復(fù)國(guó)的愿望，全落在幼小的陳靖仇身上（陳靖仇之名，即是「靖北虜，復(fù)國(guó)仇」的意思）。由于十六年前歷經(jīng)那場(chǎng)驚心動(dòng)魄之噩夢(mèng)，師父深知自己絕對(duì)無法敵過那位手持軒轅劍的神秘少年，所以決心改換方式，開始四處尋找傳說中能讓人獲得天下之五樣上古神器:伏羲琴、神農(nóng)鼎、崆峒印、昆侖鏡、女媧石，打算收齊它們，以它們的力量來復(fù)興故國(guó)。一場(chǎng)艱辛的復(fù)國(guó)之旅，逐頁展開。